1、所有权不同
通常而言，企业公司找网站建设公司做的网站一般是属于公司自己的，当然前提是你找的公司可以把网站程序源代码及数据库文件提供给你的公司。而在B2B类似的平台上建立的店铺网站所有权可不是你公司的，两者所有权是不同的，通常比较知名的B2B平台店铺会收年费。
2、定制化不同
公司自己做网站想做什么样的就做什么样的，想要什么栏目和模块都可以定制，而平台类的店铺网站则是固定的模块，定制程度非常有限。网站设计方面也很受限制，因此对于大多数的公司来说，自己做网站还是自然而然的。
3、品牌性权威性不同
公司自己做的独立的网站更加能代表公司的品牌形象和权威性，而在平台类店铺建立网站更多的是为了在线销售。因而，对于绝大多数的公司，建立自己独立的网站是很必要的。
4、域名网址不同
公司独立的网站域名是公司自己注册选择的，域名的名称符合公司自己的特色，如：www.gongsi.com这类的网址；而店铺类的网站网址通常是平台的域名网址后边带的自定义名称，如：www.b2b.com/dognei/这种类型的网址。从公司独立性和权威性角度考虑，当然会选择前者作为公司的网站。
5、SEO友好性差别
公司自己做的独立网站，域名都是主域，权威性高，公司独立性和品牌性也高于平台类店铺网站，在搜索引擎上搜公司名称，都会将公司独立的网站排在前面。从SEO的可操作性和权重的积累程度来讲，公司自己做的独立的网站SEO可操作性和权重积累度自然要比店铺平台网站要好的多。
