一、小程序与微信商城搭建成本
小程序：但业内人士指出，从几千到三两万，足够做出一个基本满足你需求的小程序，这个价格不会差太多，而且再过些时间，将会更加透明化。期间的价格差距主要来源于功能需求以及场景的具体展现方式。
微信商城：以第三方中价格较低的，两万多起步，价格较高的几十万一年。要是专业定制多功能需求开发的，价格相对就要高一些，具体的费用跟进需求而定。
二、功能差异
目前来说，两者在功能上已经很难说出谁优谁劣。
首页展示、产品管理、会员系统、营销系统、财务系统、数据管理、管理与配送、O2O系统、分销、多商户等等，这些大的版块上，小程序已经基本实现功能满足。且小程序可设计性、改造性较强，能够根据自己的需求开发不同特征的小程序，满足各个行业领域的需求，微信商城在这方面略显笨拙。
但微信商城毕竟是已经相对成熟的系统，所以在和其他的系统或平台对接上有明显优势，且在这些大的功能版块上，细节优化更好。
三、用户体验
使用体验：搭建微信商城的优势在于它一个完善的商城体系：比如说商城层级较多，能够更加清晰的展示产品，购物体验更加良好，在页面流通度上目前两者没有明显差异。
打开方式：打开方式是微信商城的劣势：需要用户关注公众号，点击自定义菜单，进入对应页面至少三步操作，相对于较繁琐。小程序没有任何打开层级，直接扫码或许点击就能打开，可谓一步到位。
支付方式：这也是微信商城的一个弊端，必须关注公众号，而小程序则能够省略这个环节。
四、营销场景
微信商城现在无法独立展示，必须依托于公众号。而小程序除了能够在搜索框直接搜索进入，群聊留存，用户使用之后留存等线上入口外，线下更是有无数种展示入口，这些是微信商城不能相比的。微信商城目的吸引粉丝，留住粉丝，培养客户；而小程序提倡用完即走，方便消费者，但对商户而言较难留客。
总体而言，小程序以线下实体商家服务延伸为主、电商为辅；微信商城则以电商为主。
五、运营管理
所以做一个必须依托于公众号的微信商城只是开始，后期运营和推广是核心。但运营这个问题现在大多数商家没有能力去解决，对于商家来说是个头疼的问题，这就强调专业运营团队的重要性。
